Программа VMProtect обладает мощным встроенным скриптовым языком LUA, использование которого позволяет расширить возможности VMProtect на каждом этапе обработки защищаемого файла.
Синтаксис языка LUA похож на JavaScript, однако в отличие от последнего он не содержит классов в явном виде. Тем не менее, скриптовый язык позволяет легко формировать такие механизмы объектно-ориентированного программирования, как классы, наследование и события. Примеры использования скриптов находятся в каталоге "VMProtect/Examples/Scripts".