VMProtect предоставляет уникальную возможность добавления в защищаемый файл скрытой информации о владельце файла. Водяной знак представляет собой массив байт, который должен быть уникален для каждого вашего пользователя. После включения водяных знаков в защищаемый файл в дальнейшем (например, в случае распространения взломанной программы) вы всегда сможете определить его владельца и принять соответствующие меры. Файл базы данных с водяными файлами хранится в файле "%ApplicationData%/VMProtect Software/VMProtect.dat" для Windows и в файле "/Users/Shared/VMProtect Software/VMProtect.dat" для Mac OS X.
Диалоговое окно "Водяные знаки" содержит две вкладки: